卵巢囊肿可以是良性的、良恶性交界及恶性的肿瘤，其病理形态多种多样，根据卵巢的组织发生来分类，可分为：

(1)生发上皮肿瘤 约占全部肿瘤的40%，有浆液性和粘液性及混合性上皮生发肿瘤，恶变率较高。

(2)生殖细胞瘤 来自生殖细胞及其衍生组织，包括无性细胞瘤、畸胎瘤、内胚窦瘤、绒毛膜上皮癌等肿瘤。

(3)性索间质肿瘤 约占卵巢肿瘤的6%，该类肿瘤较为复杂，各种细胞可单独组成相应的肿瘤，卵巢型或睾丸型的两种细胞可出现在同一肿瘤内，更有4种细胞类型同时在肿瘤内见到。

(4)类固醇细胞瘤 类固醉细胞瘤由类似于黄体细胞、间质细胞、肾上腺皮质细胞的大圆形或大多边形细胞组成。以往称脂质细胞瘤或类脂细胞瘤。